De Kaderrichtlijn water vereist dat lidstaten speciale beoordelingssystemen ontwikkelen voor de biologische en fysisch-chemische kwaliteit van hun oppervlaktewateren. STOWA draagt bij aan het ontwikkelen en fijnslijpen van deze systemen voor gebruik door regionale waterbeheerders.

Alle door waterbeheerders verzamelde informatie over aquatische flora en fauna ontsluit STOWA op een speciale website www.limnodata.nl.

Op de themasite Ecologische beoordeling heeft STOWA de ontwikkelde kennis en achtergronden over het thema samengebracht.