Bij het modelleren is getracht om uit te gaan van de biologische basis van het proces. Hiertoe wordt het metabolisme van de betrokken microorganismen gemodelleerd en gekoppeld met en procesmodel. Het aldus verkregen model bleek in staat te zijn om met een set parameters het gedrag van een defosfaterende "sequencing batch" reactor te beschrijven. Concentraties van alle van belang zijnde verbindingen konden juist worden voorspeld, bij een grote variatie aan condities slibleeftijd 5-20 dagen, wisselende invoer van fosfaat, en tijdens de opstart van het systeem wanner competitie met normale heterotrofe organismen van belang is).

Simultaan is door de IAWQ "task group" modellering actief slib processen een voorstel gemaakt voor een model voor defosfatering. Dit model is niet strict op het microbiele metabolisme geent. Het metabole model blijkt (ondanks de hogere mate van complexiteit) uiteindelijk minder modelparameters te hebben dan het voorgestelde model no.2. Dit wordt veroorzaakt doordat een aantal processen op
metabool aan elkaar gekoppeld kunnen worden.

Op basis van het verkregen metabool model is een methodiek voor de evaluatie van zuiveringsprocessen opgesteld. Daarbij wordt met name bepaald of (i) de hoeveelheid Acetaat-CZV in het influent voldoende is, of (ii) hoeveel Acetaat-CZV in een striptank moet worden toegevoegd of (iii) hoeveel fosfaat chemisch moet worden geprecipiteerd voor een gewenste effluent fosfaatconcentratie.