De werkgroep Cyanobacteriën heeft daarom een alternatieve risicoanalyse voorgesteld die is gebaseerd op de richtwaarden van de Wereld Gezondheidsorganisatie (WHO, 1999) voor het aantal blauwalgen waarboven nadelige effecten voor zwemmers kunnen optreden. Omdat microscopische celteling hiervoor een tijdrovende en dure methode is, heeft STOWA in 2008 en 2009 onderzoek laten uitvoeren naar zogenoemde fluorescentiemetingen als sneller en goedkoper alternatief. Dit rapport is de weerslag van dit onderzoek. 

Op basis van de uitkomsten kan geconcludeerd worden dat fluorescentiemetingen een goede maat zijn voor het biovolume van blauwalgen in veldmonsters. Het is daarmee een goede methode voor de screening van zwemwater op blauwalgen. Voor een risicoanalyse van blauwalgen is volgens de onderzoekers echter altijd een aanvullende (kwalitatieve) microscopische fytoplanktonanalyse nodig om na te gaan of er potentieel toxische blauwalgen aanwezig zijn.