Waar waterbeheerders al jarenlang vertrouwen op metingen van chemische waterkwaliteit en op biologische indicatoren zoals vissen, macrofauna, waterplanten en algen, blijft een belangrijke component van het ecosysteem grotendeels buiten beeld: het microbioom. Micro-organismen vormen het fundament van aquatische systemen. Zij verzorgen biogeochemische processen die bepalend zijn voor bijvoorbeeld nutriëntenhuishouding, zuurstofdynamiek en emissies van broeikasgassen. Toch wordt deze rijkdom aan informatie nog nauwelijks benut in de routinematige waterkwaliteitsdiagnostiek. Micro-organismen reageren snel op veranderingen en weerspiegelen direct de biogeochemische processen in het systeem. Door het microbioom mee te nemen, ontstaat een extra informatieniveau dat helpt waterkwaliteitsknelpunten beter te signaleren, te verklaren en gerichter aan te pakken.

In het kader van EBEO 2.0, waarin wordt gewerkt aan een vernieuwde beoordelingssystematiek voor ecologische waterkwaliteit, is behoefte aan inzicht in de mogelijkheden die het microbioom biedt voor diagnose en duiding van milieuknelpunten. Dit rapport verkent die mogelijkheden langs twee pijlers. Allereerst is gekeken naar praktische en reproduceerbare methoden voor bemonstering, opslag, DNA-extractie en sequencing. Daarnaast wordt een verkenning gepresenteerd van de relatie tussen microbioom-samenstelling en waterkwaliteitsparameters in vijftig sloten, verspreid over Nederland.

De resultaten bieden een eerste bouwsteen voor het ontwikkelen van microbiële indicatoren en mogelijke indices die in toekomstige beoordelingssystemen een plek kunnen krijgen. Dit rapport vormt een belangrijke stap richting een bredere, meer integrale benadering van waterkwaliteitsdiagnostiek. Het maakt duidelijk dat het microbioom een concrete en veelbelovende informatiebron is die waterbeheerders kan helpen om ecologische problemen sneller en nauwkeuriger te duiden. 

Vervolgonderzoek is nodig voor verdere standaardisatie, ontwikkeling van referentiekaders en verankering in monitoringprogramma’s. Tegelijkertijd toont dit werk overtuigend aan dat de wereld onder het wateroppervlak veel meer vertelt dan we tot nu toe benutten.