Waterplanten spelen een belangrijke rol bij in het watersysteem, vanwege de sturende rol die waterplanten spelen in het ontstaan van (gewenste) ecosysteemtoestanden. De ecologische sleutelfactoren stellen waterbeheerders in staat een goede ecologische systeemanalyse te doen van een watersysteem. Ze geven een antwoord op de vragen: waarom is de ecologische toestand zoals het is, en wat kunnen we doen om kosteneffectief verbetering te bewerkstelligen?